生物有机肥是新型肥料中技术含量最高的产品之一，近年来以其特有的促进生长、防病抗病效果得到认可。据研究，生物有机肥产生明显作用的关键因素是“活的+具有特殊功能的+微生物菌种”，因其技术太强，一般肥料“行政监管部门”检测技术跟不上，导致市场鱼目混珠，农民分不清，南京农业大学资环学院“克服土壤连作障碍”研究团队长期从事防控西瓜、黄瓜、番茄、辣椒、茄子和山药等经济作物土传病害生物有机肥的研究，根据经验设计了一套辨别方法，供参照。
　　看包装是否规范?
　　产品登记证：具有农业部微生物肥料登记证证号(注：省级部门无登记权)。正确方法：“微生物肥(登记年)临字(编号)号”或“微生物肥(登记年)准字(编号)号”。
　　产品技术指标：有效活菌数(CFU)≥0.2亿/克，登记时农业部只允许标注≥0.2个亿/克、0.5个亿/克(严格规定，在保存期的最后一天必须要达到这个数值)。一些企业为了迎合市场，刻意标成几十个亿，这是不科学的(目前的技术很难达到)、是错误的。
　　产品有效期：国家规定大于6个月。随着生物有机肥产品的保存时间延长，有效活菌数会不断下降，把有效期标注太长是不负责任的。
　　看物料是否均匀?
　　产品含水量太高或太低均不利于菌种存活，判断方法：抓一把肥料在阳光下观察，阴潮呈团、干燥呈灰都非正常产品。
　　适合特殊功能菌种生长的“有机肥营养”应是套餐型，由多种有机营养物质组成(如：菜粕、黄豆粉等发酵制成)，在光线下能看到原料的痕迹，或者能闻到原料的特殊气味。
　　看效果是否高效?
　　试验方法：加少量水将生物有机肥调成团状，放在冰箱里冻成冰块，第二天拿出来溶化，反复三次，肥料中的菌种将会冻死或大幅度减少;这时用它和将原产品进行比较试验、在相同的田块里观察差异，差异明显是好肥料，差异不明显，表明该产品有问题，建议放弃使用。