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基因改造风险未明，中兴大学植物病理系教授叶锡东虽研究出抗轮点病毒基改木瓜，但台湾至今尚未允许商业栽培基改作物，不过2003年却传出基改木瓜违法上市，卫生福利部（当时为卫生署）抽测70件市售木瓜，竟高达一成验出基改，震惊全台，没人知道种苗如何流出；随着农委会和卫福部强力稽查，市面上的基改木瓜逐渐减少，叶锡东教授的研究也被打回票，但2011年冲绳却在市面上发现台湾基改木瓜，一水之隔的香港更成为主要种植区。
木瓜是香港少数栽培的水果，就像台湾农村，香港郊区的家前屋后经常可以见到木瓜树，多半种来自己吃，根据香港渔农自然护理署统计，当地约种了35万棵木瓜树，但有60-70%属于基因改造，其中有一半是台湾基改品种，比香港合法进口的夏威夷基改木瓜还要多。
现在香港人上街买两颗木瓜，就有一颗可能是基因改造，近年香港民间提倡本地农业复兴，有机木瓜成为重要选项，但有机农民却非常苦恼，因为他们不知道去哪买非基改的种苗，突显出基改作物带来的健康、环境和伦理问题。
去年，渔护署向142户有机农民，各发放12株非基改木瓜种苗，有机资源中心则发起非基改行动，提供有机认证农民每户4株非基改种苗，先前更有农民自主发起“正版木瓜试点行动”，以一换一的模式，把不确定是否为基改的木瓜种子，换成非基改种子。
这些行动突显了香港未来的农业方向，近几年，香港掀起农业复兴的风潮，为了和进口的廉价农产品区隔市场，许多农民开始生产有机、友善农作物，对香港人而言，木瓜不仅有商业价值，还代表丰富的文化意涵。
一名香港中文大学的学生表示，香港人非常爱吃木瓜，举凡港式甜品、水果、菜肴都能见到木瓜的踪迹；木瓜可以加强奶水分泌，因此许多妇女坐月子、哺乳时都会喝木瓜汁。
刘婉仪说，今年香港本地渔农产品迎春美食嘉年华就是以非基改木瓜为主题作物，木瓜可以养生，一颗基改木瓜只能卖10元港币，非基改却能卖到100元，只有朝非基改方向前进，香港农业才有竞争优势。
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