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莫兰蒂、梅姬双台接连横扫，农民预估目前全台毛豆、大豆类杂粮损失面积至少有8成，几乎全军覆没，天灾之后，面对复耕更是抱着头烧。
农民反映，杂粮转作一旦登记栽种品项，即便碰上天候不顺，中途也不能再更换栽种项目，往往只有两条路选，（1）继续种当初登记的杂粮，可请领转作金，但是可能已过了适合栽种期、仍按法规续种，即便种子泡水、收成挂蛋；（2）改种其它作物，或许有收成，但不能领取原本的杂粮转作补助金，隔年相同的栽种时期（例如二期转作）也将被取消申请资格。
农友大呼不合理，认为“我们只是要有收成！而不是要钻漏洞！”农友及相关学者也呼吁农粮署尽速盘点杂粮作物现况，针对市场需求拟定施种方针，研究出适育品种，才不会让农民如无头苍蝇般胡乱施种，造成投入资财与产量不成正比；供、需不同调的窘境。
云林农友陈韵如反映，“改种等于完全脱离当初申报杂粮转作体系”，不但不能领原本的转作补助金，未来若改种作物又遇到天然灾害，因为种的作物跟当初申请的作物不一样，而没办法申请灾害补助、转作补助，损失只能自行负担。
在台南佳里种植芝麻和大豆的农民苏荣灿也表示，原本申报契作芝麻、豆子，但持续遇上大雨，待土干再复耕，已经过了适种期，勉强种下去，只是浪费种子，毫无收成，但若改种其它作物，例如这时天气适合种小麦，又因为品项与当初登记不符合，而不能领取转作补助金，建议农政单位应开放农民在特殊情形下得以变更种植品项。
针对农民疑惑，农粮署粮食产业组长林传奇表示，虽然农友都要在每年1月31日前申报当年度一、二期施种作物，但天候难预测，也有针对二期作保留补变作业期间，农民可在补变期间内提出变更作物申请。
根据农粮署资料，屏东地区补变期为6月1日～6月30日；台南、嘉义地区为6月16日～7月15日；云林地区为7月18日～8月19日；中彰投为7月18日～8月17日；苗栗以北地区为8月1日～8月31日；宜兰、台东为7月1日～7月31日；花莲为7月1日～7月14日。
“但有时候天灾来临时已经过了补变作业期间。”林传奇表示，但这时候也代表已经濒临二期契作中后期，“这段期间内农民还要考虑秋台、适种期快结束等风险。”建议农民不需急在二期作期间内改种。
林传奇强调，在补变申请结束前，农民都可以变更施种项目，若天灾发生在补变期之后，农民可能已经施种，这时农民可以灾损补助，过了这一期后也能改种其他杂粮作物。
“其实补助不是重点，重点是我们不想浪费种子，我们想要有收成！”苏荣灿更直言，政府把杂粮转作相关限制订得太细，“有时候我们发现更符合市场需求的作物，但却不在补助项目中。”导致有心的农民很难发挥，只能自行承担栽种风险。
“国家确实有诚意要辅导杂粮，但真的还没有准备好！”但农友马聿安指出，其实转作杂粮最主要的目的是为了取代二期稻作，但杂粮的稳定性都还不够，“无论是产量、市场通路都还不够稳定！”政府需要好好思考未来杂粮整体发展政策。
中兴大学农艺系教授陈宗礼表示，农粮署确实要赶快开始盘点杂粮作物的供需情况，“不仅是需求量，还要统计出每项作物究竟投入多少地、多少人。”近几年大概只有饲料玉米有比较大动作的盘点，但甘薯、黄豆、大豆、毛豆等作物还是有待加强。
陈宗礼更解释，农粮署必须统计出台湾一年各杂粮作物的需求量是多少，“黑豆就去问问相关的酱油产业；黄豆就去调查豆浆、豆腐产业；小麦就去研究面包店需要什么样的小麦。”建议各地农改场找出当地适种的作物、品种，搭配省工机器大规模适地适种，才能让杂粮作物价格、产量、品质符合市场需求。
陈宗礼也建议，农粮署可以放宽补助作物品项认定弹性，当农民发现新兴作物有市场性，而不在补助范围内时，有管道可以上报中央，由中央综合评估发展潜力，补助不等金额，“这可以让杂粮市场更活络。”
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