褐腐病又称白腐病、湿泡病等病菇幼时受侵，无法进一步分化发育，后期形成畸形菇，常在表面着生一层“白毛”，即其病原菌菌丝体。温度在20℃以上时，4～5天的时间，病菇色泽变暗，继而腐败，渗出褐色（酱油状）液汁并腐烂、发臭；低于20℃，该过程变长。子实体中期受侵时，菌盖出现褐色病斑，菌柄呈肿胀粗胖状，继之菇休变软。切开病菇，发现其内部由白色变为乌白色，菇体软腐后为乌褐色。该病病原菌为疣孢霉。
褐斑病又称干泡病、黑斑病等。早期发病时，使原基不规则发生，畸形发展；侵染幼菇时，可使菌柄出现褐色条纹，菌盖上布有褐色斑点，病菇向一侧生长。切开病菇观察，其组织内部呈黄褐色、干燥、松散，但菇体不腐烂、无臭味。该病病原菌为轮枝霉。
软腐病又称霜霉病、湿腐病等。菇床被病菌灰白色菌丝覆盖后，变为暗灰绿色或暗褐色，食用菌菌丝因缺乏氧气和受病菌分泌物毒害而失去活力，此后很难出菇；病菇从基部发病，并向上伸延至菌盖，菌盖初期出现淡褐色大小不一的水渍状病斑，继之即被病菌所覆盖，继尔腐烂，手触即倒。该病病原菌为树状葡枝霉。
銹斑病又称斑点病。病原菌在菌盖上形成铁锈色（暗黄红）病斑，边缘整齐，中间凹陷，斑点干缩后，菌盖裂开，菌柄及菌褶上较少染病，水珠聚集在菌盖表面久不散发时，该处发病率高。该病为细菌性病害，病原菌为托兰氏假单孢杆菌。
黄斑病染病初期菌盖上有小斑点状浅黄色病区，随菇的生长而扩大，并传染其他子实体，继之色泽变深，并扩大到整个菌盖，染病后期菇体分泌出黄褐色水珠，病株停止生长，继尔萎缩、死亡，该病为细菌性病害，病原菌为假单孢杆菌。
以上病害在持续高温，高湿、通风不良的环境下，加之选用菌种不良、生产工艺不当、环境脏乱，导致发病率较高，故防治时要遵循“以防为主，综合防治”的原则：①提倡熟料栽培。发酵拌料时加入适量的阿姆斯增温发酵剂、净霉灵、必洁士及立信菌王等，增强本身抗病能力。②严格发酵、灭菌、接种及培养等工艺，避免发菌期高温。覆土材料要用甲醛处理。老菇棚用硫磺熏蒸。③头潮菇采收后停水2天，喷1次波尔多液等。连喷2次，现蕾后再喷1次。覆土栽培的，头潮菇后用波尔多液漫灌。④发病初期及时摘除病菇，刮除料面，喷洒100倍蘑菇祛病王溶液、波尔多液、有效氯150毫克/升的漂白粉溶液、100～200国际单位的农用链霉素等。床栽的要清除病料，并撒石灰粉、漂白粉，消除传染源，避免人为传播。
