枸杞病虫害防治是枸杞园管理的主要内容之一。在枸杞生长季节的管理中，病虫害防治要占到工作量的三分之一。枸杞产量的高低、质量的好坏，虽然与品种、肥料关系密切，但要实现安全、优质、高产的目的，生产出绿色枸杞产品，在国内外市场上占有优势，关键取决于病虫害防治的水平。主要病虫害防治方法如下：
（一）枸杞炭疽病
症状 枸杞炭疽病俗称黑果病，主要为害青果、嫩枝、叶、蕾、花等。青果染病初在果面上生小黑点或不规则褐斑，遇连阴雨病斑不断扩大，半果或整果变黑，干燥时果实溢缩；湿度大时，病果上长出很多橘红色胶状小点；嫩枝、叶尖、叶缘染病产生褐色半圆形病斑，扩大后变黑，湿度大湿腐状，病部表面出现黏滴状橘红色小点，即病原菌的分生孢子盘和分生孢子。
病原 Glomerella cingulata (Stonem.) Spauld. et Schrenk称围小丛壳，属子囊菌门真菌。无性态为Colletotrichum gloeosporioides (Penz.) Sacc.称胶胞炭疽菌，属半知菌类真菌。分生孢子盘生在病果表皮下，菌丝体在皮下组织的细胞间隙中集结，形成黑褐色的分生孢子盘，圆盘状，中间凸起，大小100～300μm，刚毛少，后孢子盘顶开果皮及角质层，盘上生分生孢子梗棍棒状，大小12～21×4～5(μm)；分生孢子圆筒状，大小11～18×4～6(μm)。分生孢子萌发适宜相对湿度为100%，湿度低于75%不萌发，在水中24小时后大量萌发。
传播途径和发病条件 以菌丝体和分生孢子在枸杞树上和地面病残果上越冬。翌年春季主要靠雨水把黏结在一起的分生孢子溅击开后传播到幼果、花及蕾上，经伤口或直接侵入，潜育期4～6天，该病在多雨年份，多雨季节扩展快，呈大雨大高峰，小雨小高峰的态势，果面有水膜利于孢子萌发，无雨时孢子在夜间果面有水膜或露滴时萌发，干旱年份或干旱无雨季节发病轻、扩展慢。5月中旬至6月上旬开始发病，7月中旬至8月中旬暴发，为害严重时，病果率高达80%。
防治方法 (1)收获后及时剪去病枝、病果，清除树上和地面上病残果，集中深埋或烧毁。到6月份第一次降雨前再次清除树体和地面上的病残果，减少初侵染源。(2)6月份第一次降雨前先喷一次药，并在药液中加入适量尿素，杀灭越冬病菌，增强树体抗病性。(3)发病后重点抓好降雨后的喷药，喷药时间应在雨后24小时内进行，以防传播后的分生孢子萌发和侵入。(4)发病期，禁止大水漫灌，雨后排除杞园积水，浇水应在上午进行，以控制田间湿度，减少夜间果面结露。(5)发病期及时防蚜、螨，防止害虫携带孢子传病和造成伤口。(6)发病初期开始喷洒25%炭特灵可湿性粉剂500倍液、80%炭疽福美可湿性粉剂800倍液、25%使百克乳油800倍液、50%施保功或使百克可湿性粉剂1000倍液、75%百菌清可湿性粉剂1000倍液加70%代森锰锌可湿性粉剂1000倍液、50%可灭丹(苯菌灵)可湿性粉剂800倍液。隔10天左右1次，连续防治2～3次。此外有报道在发病初期喷洒红麻炭疽菌或柑橘叶炭疽菌，防效与80%炭疽福美可湿性粉剂800倍液相近且无污染，属生物防治法。生产上可试用。
（二）枸杞白粉病
症状 主要为害叶片。叶两面生近圆形的白色粉状霉斑，后扩大至整个叶片被白粉覆盖，形成白色斑片。
病原 Arthrocladiella mougeotii (Lév.) Vassilk. var. polysporae Z. Y. Zhao.称多孢穆氏节丝壳，属子囊菌门真菌。子囊果散生或略聚生，褐色至黑褐色，直径120～165μm；附属丝28～81根，基部粗糙，带浅黄褐色，短棒状或指状，有的具隔膜，长为子囊果的0.6～1倍，具11～31个子囊；子囊椭圆形至长椭圆形，具柄，大小59～74×14～21(μm)，内含2～4个子囊孢子；子囊孢子椭圆形至长椭圆形，大小13.8～21.3×12～15(μm)。
传播途径和发病条件：北方病菌以闭囊壳随病残体遗留在土壤表面越冬，翌年春季放射出子囊孢子进行初侵染。南方病菌有时产生闭囊壳或以菌丝体在寄主上越冬。田间发病后，病部产生分生孢子通过气流传播，进行再侵染。条件适宜时，孢子萌发产生侵染丝直接从表皮细胞侵入，并在表皮细胞里生出吸器吸收营养，菌丝体则以附着器匍匐于寄主表面，不断扩展蔓延，秋末形成闭囊壳或继续以菌丝体在活体寄主上越冬。
防治方法 (1)秋未冬初清除病残体及落叶，集中深埋或烧毁。(2)田间注意通风透光，不要栽植过密，必要时应疏除过密枝条。(3)发病初期喷洒36%甲基硫菌灵悬浮剂500倍液或50%可灭丹(苯菌灵)可湿性粉剂800倍液、60%防霉宝2号水溶性粉剂1000倍液、20%三唑酮乳油1500倍液、30%碱式硫酸铜(绿得保)悬浮剂400倍液、45%晶体石硫合剂150倍液，隔10天左右1次，连续防治2～3次。对上述杀菌剂产生抗药性的地区可改用40%福星乳油7000～8000倍液，隔20天1次，防治1次或2次。采收前3天停止用药。
（三）根腐病
症状：危害根茎部，发病初须根变褐腐烂，后蔓延至主根发黑腐烂，严重时外皮腐烂剥落，只剩下木质部，最后全株枯死。枸杞根腐病主要危害植株根部及茎基部。病株外观表现为叶片发黄、萎垂。挖起病株剖检根、茎部，可见患部变褐至黑褐色，有的皮层腐烂、脱落，露出木质部。根茎内部维管束亦变褐。潮湿时患部表面有时出现白色至粉红色粉霉病征（病菌分生孢子梗分生孢子）。
