接种根瘤菌剂尽管能提高紫花苜蓿的产量和品质，但菌剂使用方法直接影响接种效果，进而影响紫花苜蓿的生长和产量。因此在使用根瘤菌接种剂时，必须考虑以下因素:
1.土壤条件。
在一个地区，如果从未种植过或5年以上没有种过某种豆科植物（即所谓的新区），则土壤中很难有与该种豆科植物相匹配的根瘤菌，因此在该种豆科植物的根部也不会形成固氮根瘤。因此在新区种植紫花苜蓿必须接种相匹配的根瘤菌剂，才会显出共生固氮的优势。此外在砂质或养分贫瘠的土壤上，接种根瘤菌也能有效改善紫花苜蓿生长、提高土壤肥力。相反，在连续种植紫花苜蓿的土壤上，接种根瘤菌剂尽管也能增产，但增幅不大。
2、根瘤菌与紫花苜蓿的匹配性。
一般而言，只有接种与该种紫花苜蓿匹配性良好的根瘤菌剂才能实现增产，如果匹配性差，接种根瘤菌剂就没有增产效果。通常而言，如果接种的紫花苜蓿来自美国或加拿大，接种进口根瘤菌增产效果就非常明显，如果来自其他国家，就需要进行严格的田间试验才能确定。
3、施肥水平。
施氮水平高低直接影响紫花苜蓿结瘤量，高施氮量抑制根瘤菌的形成，低施氮量则略有促进作用。磷肥能改善根系的生长，进而促瘤的形成。只有综合考虑上述因素，根据种植地区的生态环境条件接种根瘤菌，才能提高苜蓿的产量和品质，使广大生产者获得良好的经济效益。
