锦鲤的分类，根据鳞片的差异可分为两大类，即普通鳞片型和无鳞型或少鳞型，无鳞的草鲤和少鳞的镜鲤是从德国引进的，所以常叫做德国系统锦鲤。按其斑纹的颜色即可分为三大类，即单色类如浅黄、黄金、变种鲤等；双色类如红白、写鲤、别光等；三色类如大正三色、昭和三色、衣等。
现在，全日本的“爱鳞会”则采用13种的分类法：红白、大正三色、昭和三色、写鲤、别光、浅黄秋翠、衣、变种鲤、黄金、花纹皮光鲤、写光鲤、金银鳞、丹顶。
红白锦鲤
红白锦鲤的底色为白上衬红色斑纹，是日本锦鲤的正统，有“绐于红白，终于红白”的美称。红白锦鲤中最可贵的品种是白色中绯红色要在眼部之上；其次是嘴部，没有绯红色而只是白色的是上等鱼。根据其背部斑纹的数量、形状和部位可分为如下品种：
1、二段红白锦鲤：在洁白的鱼体上，有2段绯红色的斑纹，宛如红色的晚霞，鲜艳夺目。躯干部的红斑，要左右对称才算佳品。
2、三段红白锦鲤：在洁白的鱼体背部生有3段红色的斑纹，非常醒目。
3、四段红白锦鲤：在银白色的鱼体上散布着4块鲜艳的红斑。
4、一条红锦鲤：从头部到尾柄有一红色的条带。
5、闪电纹红白锦鲤：鱼体上从头至尾有一红色斑纹， 此斑纹形状恰似雷雨天的闪电光弯弯曲曲，因此而得名。
6、富士红白锦鲤：在头上有银白色的粒状斑点，就像是富士山顶的积雪。 但是此斑点一般只出现在1龄或2龄的鱼体上。
7、御殿樱锦鲤：小粒红斑聚集成葡萄状的花纹， 均匀地分布在鱼体背部两侧。
8、金樱锦鲤：御殿樱锦鲤红色鲜艳的鳞片边缘嵌有金色的线， 称为金樱锦鲤。此是名贵品种，外表非常美丽。
大正三色锦鲤
大正三色锦鲤产生于1915年日本大正时代。其主要特点是在鱼体的纯白底色上布红色和黑色斑纹。这种鱼，最好的是黑色部分如墨一样黑，背侧有大的绯红色斑纹和黑色斑纹和谐地排列。所有的颜色必须显现在背部上方才算正品。大正三色锦鲤有的以斑纹新奇的色彩而制胜；有的却以姿态优雅、体形丰满、格调奇特而引入注目。根据其鱼体上红、黑色斑的分布可分为：
1、口红三色锦鲤：在鱼的嘴唇上生有圆形的鲜艳小红斑，极为俊俏。
2、赤三色锦鲤：指从头至尾柄有连续红斑纹的大正三色锦鲤。
3、富士三色锦鲤：在鱼体雪白的底色上，除有红、黑两种斑纹以外， 头部出现银白色粒状斑纹。
4、德国三色锦鲤：以锦鲤为基本型，鱼体无鳞，在白色皮肤上， 赫然呈现出红、黑斑纹。幼鱼时期鱼体尤为华丽。
昭和三色锦鲤
昭和三色锦鲤产生于1927年日本昭和年代。其主要特点是鱼体的黑色底色上有红、白花纹点缀，胸鳍基部有圆形黑斑，又称元黑。昭和三色锦鲤具有较高的观赏价值，华丽而矫健，是锦理中的精华。其主要品种有：
1、淡黑昭和锦鲤：在其黑斑上，所有的鳞片呈浅黑色，淡雅优美，别具风采。
2、绯昭和锦鲤：从头部至尾部，有大面积的红色花纹，红黑相同， 艳丽而庄重。
3、近代昭和锦鲤：鱼体仍由黑、红、白三色组成，但是白色斑纹居多， 黑纹犹如黑点白宣，具有大正三色锦鲤的鲜明色彩。
4、德国昭和锦鲤：以镜鲤为基本型。德国鲁鱼体披上昭和三色锦鲤的彩衣， 花纹鲜明。
