食用菌菌种质量的优劣，直接影响到生产的成败和产量高低。因此，食用菌菌种质量鉴定对生产者来说至关重要。
1.外观直接观察鉴定
外观菌种，菌丝浓白、粗壮、富有弹性，则生命力强；如果菌种菌丝萎缩，干燥无色泽，或菌丝体自溶产生了多量红褐色液体，则生活力已变弱，不宜再用；木块菌种如仍保持硬实，则属于生活力强的菌种，如若木块变得软化松散，则已老化，不宜使用。
2.培养观察鉴定
对于分离、选育和引进的菌种，通过培养，观察菌丝体对干、湿度和温度等方面的适应特性。如将菌丝体置于偏干、偏湿和干湿相宜的条件下培养，若菌丝在前两种条件下能良好生长，而在干湿相宜的条件下生长最佳，则说朋是好菌种。
3.液体培养鉴定
配制2%糖水溶液，经常规灭菌消毒，挑取黄豆粒大的菌块，放入100毫升上述溶液中，置于25～28气温度下培养3～7天后，若液面出现气泡，产生“油皮”，发生浑浊现象，说明菌种本身有杂菌；如果菌块下沉，或迟迟才长出很薄的菌丝层，则说明菌种生活力弱；如若波面四周的菌丝生长快，且浓白呈棉絮状，则表明菌种生命办强。4锯木屑瓶栽鉴定和周期产量鉴定
瓶栽鉴定的做法与培育栽培的方法相似，把锯木屑培养料装得松一些，适当加大湿度，把需要鉴定的菌种接种于培养基中，做好记录，在26℃恒温下培养15天。然后使温度降至15～20℃，并给予较好的散射光条件，再培育半个月左右，在瓶壁和料面上就会出现子、实体原基和少量子实体。若未发现杂菌和异常现象，再把菌种接在木段上，做周期产量鉴定。如果子实体生长旺盛，高产优质，具备优良品种特性，并且没有杂菌混生，说明菌种可靠，可以保存并投入大面积生产。
实践证明，以上方法比较科学，可以筛选出优良菌种，供广大用户选择使用。
