由于茉莉花茶不同于其他茶类，它是采用烘青茶坯和茉莉鲜花为原料，加工过程中对水分、温度的要求比较严格。所以，花茶的质量管理应当特别注意抓好原料管理、窨制工艺管理和环境质量管理等。
1、原料管理
加强原料的采购、验收和管理。确认烘青毛茶和茉莉鲜花是来自经绿色食品认证产地。尤其是茉莉鲜花，要严格控制种植过程中使用的农药、化肥，并对绿色食品A级和AA级加以区别，以防止对茶坯造成污染而等级下降或不符合绿色食品茶的规定和要求。
2、窨制工艺管理
按HACCP管理要求，对加工过程设立的“危害分析关键控制点”严加监控，对加工过程中出现的废品和次品及时剔除。对加工过程中茶坯的含水量定时定点抽查，加强加工过程中配花量、茶坯温度、含水量、茉莉鲜花的形态、复火茶坯的香气、水分和温度的检查。严格控制成品茶品质，使之符合各花色等级、窨次的品质要求；成品茶的水分必须符合各级成品标准，花茶含水量以接近但不超过标准为宜。
3、环境质量管理
由于茶坯具有很强的吸附性，易吸收周围环境中的烟味和其他异味。因此，要加强环境卫生管理，在生产之前要做好车间内的卫生工作，加工工人的卫生管理，车间内不能抽烟，操作人员进入车间不得使用化妆品。窨制花茶应确保在专用地板、竹席上或竹篓内进行，不得直接堆放于水泥地面上。花茶的包装要使用绿色食品指定的包装材料，以免对茶叶造成污染。
4、生产设备管理
做好生产设备的检查和维修工作，确保花茶加工过程中生产流畅，需要进行大维修的机器，最好在车间外进行修配，以免对车间内空气造成污染。烘干设备应尽量采用电热式，采用柴油和煤炭加热的，热风炉尽量远离窨制车间。
