伴随着我国城镇化和农业现代化进程的加快，农村土地流转也明显加快。实践证明，土地流转和适度的规模经营应是现代农业的发展之路。然而，我国在推动城乡一体化的进程中，需要进行一系列保障农民利益的制度安排。
城乡二元结构与农村土地管理制度
我国自1958年通过颁布《中华人民共和国户口登记条例》的形式逐渐形成了严格的户籍管理制度，限制农村人口流入城市，使得在改革开放前的近三十年中，农村劳动力很少向工业部门和城市发生转移，而基本滞留在农业部门之内。改革开放以来，随着市场经济的发展，城乡联系显著增强，但城乡分割的二元结构体制并未从根本上改变。由户籍制度演化而成的“城乡分治、一城两策、一地两民、一事两制”的社会管理体制，不仅限制了农民的迁徙自由，也阻碍了经济社会的良性运行，制约了城市化和城乡一体化进程。
我国目前的土地管理制度依然具有城乡二元结构特征：城镇土地属国有，农村土地属集体所有；农村土地的经营权和收益权以承包的方式赋予农民，农民家庭作为独立的生产经营单位进行生产经营；农业用地变更为建设用地，须经征收转变为国有土地；土地流转是在现有土地承包关系长期稳定的基础上依法进行，并不改变集体土地的所有制，流转的只是土地承包经营权。
由于没有明确规定“农民集体”作为土地所有权主体的构成要素和运行原则，没有明确产权代表和执行主体的界限和地位，没有解决“农民集体”与农民个人的利益关系，农民在征地过程中享受不到平等交换权，农民土地被征收后价格大幅增长，这些增值收益往往被征地部门所占有，导致农民土地权利被侵犯、土地利益受到损害。
首先，农民的经济权益受损。在城乡二元结构之下，农民的经济权益大都与其拥有的土地有关，而随着经济社会的发展、城镇化的加速，农民土地的财产性与土地作为农民的财产性权利变得越来越明显。土地被征收，意味着附着于土地之上的经济权益随之丧失，这在我国征地补偿制度不健全、社会保障制度仍待完善的大背景下，无疑是对农民经济权益的损害，征地范围的不明朗与程序的不规范也是对农民土地权利的侵犯。与此同时，农民土地的收益权与征地收益的分配权，也由于现行征地补偿标准较低以及补偿费归属不明确而遭到侵犯，导致农民相应的权益受到伤害。值得关注的是，国家垄断着土地一级市场，农民集体无权将自己的土地向收益更高的城市土地用途转变，导致农民的土地发展权被剥夺，而土地增值的收益则大部分由国家和用地单位享有，从而使得农民集体得到的仅仅只是农地收益的补偿。
其次，农民的社会权益受损。土地是农民生存、工作与社会保障的来源，在未建立新的保障之前，失去土地，就意味着失去一切。城乡二元结构使得农村社会保障体系存在重大缺陷，加上获得的征地补偿较低，农民在失地之后进入城镇居民序列，虽然有的享受了一些社会保障，有的也安排了工作，但相对于城市居民来说，绝大多数还是处于社会下层。
最后，农民的政治权益受损。农地所有权主体由于在法律上的界定模糊，导致在现实中往往被虚置，使得征地过程中农民缺少合适的代言人，话语权不足，知情权与参与权往往被忽视，农民相互之间也因存在种种问题而难以自组织，与政府和用地单位的谈判能力有限。这样，最后农民甚至对自己被征了多少地、国家的征地补偿政策、政府与村集体是否参与了分配等情况一无所知。除此之外，由于失地农民的经济能力有限以及国家针对失地农民的法律援助制度不健全，失地农民如有对征地的不同意见，往往投诉无门。
城乡一体化与农村土地流转
近十多年来，特别是近年来，城乡一体化逐渐成为国家的重要战略。城乡一体化的基本思路是：相对发达的城市和相对落后的农村，打破相互分割的壁垒，逐步实现生产要素的合理流动和优化组合，促使生产力在城市和乡村之间合理分布，城乡经济和社会生活紧密结合与协调发展，逐步缩小直至消灭城乡之间的基本差别，使城市和乡村融为一体。其中，城乡居民基本权益均等化是实现城乡一体化发展的前提。目前，城乡差距主要体现在城乡公共服务的差距之上，而城乡居民权益不平等则集中体现在财产权和户籍制度的不平等之上。实现城乡要素配置合理化的关键是要建立城乡一体化的要素市场，消除人为设置的各种障碍，发挥市场对资源配置的决定性作用，促进各类生产要素在城乡之间双向自由流动。
土地是一种重要的生产要素，按照城乡一体化的发展思路，也应发挥市场对土地配置的决定性作用，虽然土地还有一个用途管制问题，比如把耕地变为建设用地，必须符合城乡建设规划，并办理相应的法律手续，但在个别地方政府土地财政的运作之下，其限制农地流转的作用可谓微乎其微。因此，就城乡一体化与城乡二元结构下的土地管理制度的比较而言，目前农村土地流转出现了一些新的情况。
其一，在城乡一体化的语境中，目前的土地管理制度设置的城乡土地区别很可能会模糊化和消失。比如耕地变为建设用地，很可能会绕过农村集体所有土地必须转变为国有土地才能进行开发建设这一法律硬性规定，从而不必再履行征地拆迁补偿安置手续。这样，农村土地将会与城镇土地平等对待，这无疑会为个别地方政府掠夺农民土地大开方便之门。
其二，城乡二元结构下的土地管理制度，尤其是征地制度，虽然使得农民的土地权利遭受侵犯、土地利益受到损害，但农民尚且可以通过转成城镇居民而获得一定的社会保障，并可以获得部分经济补偿。而在城乡一体化的口号下，个别地方政府采取将农民整体转入城镇的方式，强行取得农民土地。但这些转入城镇的农民如不能享有与城镇居民相同的社会保障制度，把农村户口改成城镇户口将毫无意义，事实也证明了这一担忧的存在。
其三，城乡二元结构下的农村土地征用，对转为非农户籍的农民，有一定的安置政策，因此失地农民会获得一些就业机会。而在城乡一体化进程中，被征地农民得到的补偿及就业机会可能会缩水。由于我国目前工业化与城镇化的程度所限，以及农民就业技能的欠缺，失地农民并不容易得到工作机会，使得其再就业权利无处实现。生计得不到保障，又难以再就业，失地农民会成为新的弱势群体，社会稳定也将因此受到更大影响。
因此，由于个别地方政府的不当作为，在这种意义上甚至可以说，城乡二元结构反而形成对农民的一种保护机制。城乡一体化的发展与农地流转，必须在思路上确定以农村为中心，变被动的强迫为农民主动的选择。
保障农民土地权利需要新的制度安排
农村土地是农民赖以生存的基本生活资料，也是农村经济社会发展的重要生产资料。长期以来，我国农村人多地少与土地利用率不高的矛盾并存。加快农村土地流转是缓解人多地少矛盾、高效利用有限土地资源的重要方式，既可以优化土地资源配置，推动农村土地规模化经营，有效提高土地利用率，又可以使农村土地合理流转，推动农业产业结构调整，促进农业产业化发展。因此，在我国城乡一体化进程中，实现农民土地流转是必然趋势。
更需要强调的是，土地流转是农民的合法权利。十八届三中全会提出“坚持农村土地集体所有权，依法维护农民土地承包经营权，发展壮大集体经济。稳定农村土地承包关系并保持长久不变，在坚持和完善最严格的耕地保护制度前提下，赋予农民对承包地占有、使用、收益、流转及承包经营权抵押、担保权能，允许农民以承包经营权入股发展农业产业化经营”，赋予农民农用土地自由流转的权利。
需要注意的是，土地流转在为农地经营和农业发展带来好处的同时，客观上也使得部分农民无地可种，对于这部分人群未来的社会保障问题，在城乡一体化进程中应予以足够重视。完全可以通过制度的顶层设计，确保耕地不会流失或资本不能过度兼并土地，以在实现农业用地适度规模经营的同时，保障失地农民的生存权利。为此，不仅需要消除现有不合理的制度，解决个别制度不公和失当的问题，也需要进行一些制度的创新，解决个别制度无力和失效问题；不仅需要实现和保障农民在经济上的平等和权益，更需要实现和保障农民在政治上的平等和权益。
首先，在农地征收上，改革落实农地征用制度，切实保证农民利益。进一步健全征地制度，明确征地范围，规范征地程序，调整收益分配，在合法自愿的情况下及时落实征地补偿与人员安置政策及后续配套保障措施，以免农民失地之后又“失业”。避免强征强拆等侵犯农民权益的违法行为，减少社会矛盾。十八届三中全会提出“缩小征地范围，规范征地程序，完善对被征地农民合理、规范、多元保障机制。扩大国有土地有偿使用范围，减少非公益性用地划拨。建立兼顾国家、集体、个人的土地增值收益分配机制，合理提高个人收益”，就是在这一方向上的政策努力。
其次，对于农地流转问题要充分考虑到农民的实际需要。比如，对于准备进城的农民来说，他们是欢迎土地自由流转或被征收的。对这类农民来说，重要的是他们放弃农民身份后能够在城镇安家落户，享受社会保障，并有稳定工作可以维持生计、安居乐业。否则，如果既不能享有城镇人口待遇，回乡又失地无房，他们绝不会走上这一条路。因此，如果不是被迫，他们并不愿意放弃土地，而更愿意保留土地作为退路和保险，只有当他们真正获取城镇社会保障，才可能放弃农村土地。由此可见，对于土地流转，只有进行了制度保障安排，才可能成为农民的理性选择。
而对于准备进行农地规模经营的农民而言，他们无疑希望获得更多的流转农地，而不希望农地流向外村人尤其是城镇资本的手中。如果农地流转毫无对象限制，那么他们根本竞争不过城镇资本，相比而言，城镇资本显然具有更为强大的出价实力。而随着农地更多地流向城镇资本，他们的经营规模不但不会扩大，相反很可能经营处境会更加恶化。因此，需要对农地自由流转进行制度规制，限制农地面向任何人的自由流转交易，以保护真正有意愿进行规模经营的农民利益。由此可见，对于土地流转，需要进行制度规制安排，才可能成为农民的理性选择。
最后，从目前来看，解决农地流转问题的根本举措，就是要消除城乡居民在居住、就业、社保、教育、医疗、税收、财政金融等附着在户籍之上的各方面的差别待遇，实现城乡政策的统一和制度的公平。具体而言，必须进一步深化户籍制度改革，引导农村剩余劳动力合理转移，完善流转人口管理；逐步统一城乡劳动力市场，使城乡劳动者平等就业；加快城镇化进程，在城市有稳定职业和住所的农业人口，可就地登记户籍，并享有当地居民应有的权利，承担应尽的义务；推行城乡社会保障制度的一体化，统一城乡居民的养老、失业和医疗保险，为农民进城解除后顾之忧。
