切实发展生态农业，实现一二三产业融合，推动农业供给侧结构性改革，是“十三五”期间迫切需要破解的重大问题之一。
第一，从战略层面，切实重视生态农业的发展。加强科学的顶层设计，制定生态农业发展的路线图，确定生态农业发展的重点领域、重点产业、重点区域，并配以切实可行的生产标准、有效机制与政策设计。同时，建议尽快制定并实施《生态农业发展条例》，将生态农业的发展纳入法制化轨道。此外，针对农村耕地确权颁证之后，耕地流转中出现的一些矛盾与问题，建议国家层面出台《土地流转实施办法或条例》，以规范农民在发展生态农业中的行为。
第二，科学规划生态农业发展的空间布局。一是基于不同区域的生态资源条件，以及《全国主体功能区规划》规划的农产品主产区的“七区二十三带”，结合农业的生产、生态、生活、文化等多功能性，在国家层面制定生态农业发展规划。二是明确不同区域内生态农业发展的核心问题、重点目标和农业产业适宜发展模式和规模，以促进不同区域在国家生态农业发展的总体规划框架下，编制区域生态农业发展规划。
第三，完善生态农业发展的技术支撑体系。从不同类型区域生态农业发展的实际出发，对传统农业技术精华以及现代农业生产技术进行生态集成，从而实现从单一技术向综合技术的转变，进而发挥出集成技术的综合优势，以实现生态农业发展对技术的需求。
第四，提升现代生态农业基地建设水平。一是转变经营主体，建立示范基地。不同区域应立足自身生态资源、社会经济条件以及农业发展的传统，选择最优经营主体，因地制宜开展新技术试验示范、成果转化，建设一批现代生态农业技术试验示范基地。二是规范耕地流转机制。针对农村耕地确权颁证之后出现的实际情况，应出台有效的规范耕地流转实施办法，满足现代生态农业基地建设所需要的土地规模，提升生态农业基地建设水平。
第五，强化生态资源保护，确保农产品质量安全。水土资源及其环境是农业生产的根基，为此，应采取有效措施强化生态资源保护：一是从数量与质量两个方面，加大水土资源的保护与污染治理的力度;二是降低化肥、杀虫剂、除草剂等化学投入品的施用强度，减少对水土资源的污染;三是建立农药包装物、塑料薄膜的回收机制，降低其对水土资源的二次污染;四是建立种植业、养殖业协调发展的产业体系，提高规模化养殖废弃物的资源化率，以确保农产品的质量安全。
第六，规范相关行为，提升农产品质量。一是规范农业生产资料的生产行为。二是规范农业生产主体的生产行为。三是规范农产品质量认证机构的行为。严格审核认证机构所认证的产品在认证规程、认证时间、认证费用等方面是否符合规范要求，发现问题应严格追责，甚至吊销其认证资质，以确保认证农产品的市场信誉。
第七，创新模式与手段，推动生态农业产业化。一是加强生态农业发展的服务体系建设。政府、金融、保险等部门需要完善和优化服务体系，为现代生态农业发展提供政策支撑和资金保障;同时，要建立各种生态农业服务体系，稳定生态农业服务技术人员队伍，提升生态农业的社会化服务水平。二是尽快建立与提高农产品追溯体系。利用“互联网+”技术，建立连接农产品生产、销售、消费完整渠道的追溯体系，以确保农产品质量的安全。三是搞活生态农业产品的市场流通。利用现代信息化技术，整合各种农业信息网络资源，建立有利于生态农业发展的信息平台，创新生态农业产品销售模式。
第八，建立促进生态农业发展的有效机制。针对生态农业发展所面临的资源与环境双重约束，应尽快建立相应的有效机制：一是建立生态指标约束机制，强化“生态红线”意识，以加强区域生态资源对实现农产品质量安全的保障。二是建立农业生态补偿机制，明确补偿行为、补偿主体与补偿对象。三是建立监督评价机制。以各级农业资源环境管理部门为主体，对不同区域生态农业的运行效率、生态效益进行客观评价，以作为区域政府绩效考核的重要指标，进而突出地方政府在发展生态农业中的主责地位。
