随着食用菌产业的蓬勃发展，菌种需要量随之增加，而现有菌种生产单位明显偏少，许多菇农不得不向外引种。长途购运菌种不仅花费大，成本高而且菌种因破瓶而易引起杂菌污染，从而严重影响栽培食用菌的经济效益。菇农若能掌握菌种生产程序和制种技术，实行自行制种，逐步发展成制种专业户，也是一项很好的致富门路。
菌种生产程序，通常分为母种、原种和栽培种3个层次，也就是通常所说的一级、二级、三级菌种。其中母种的分离选育技术性强，要求精化；而原种和栽培种的制作则比较简单。下面介绍各级菌种的制作技术。
一、母种的分离选育
母种主要采用人工选择、诱变育种、杂交育种和原生质融合等手段获得。作为一般制种专业户，可以采用人工选择方式分离培育母种，具体步骤与操作方法如下。
1、采集种源从野生成人工栽培群体中，选择有代表性的优良菇体作为种源。种菇的标准是：八成熟，朵形圆正、肉质肥厚，无病虫害。采集1--2朵符合上述标准的种菇编上号码，作为分离母种的材料。从栽培室采集的应标有原菌株代号。
2、培养基配制琼脂培养基又叫PDA培养基，常用配方为：马铃薯200--250克，琼脂15--20克，葡萄糖20--25克，清水1000毫升。也可以加硫酸镁1--1．5克，维生素B1微量，磷酸二氢钾2--3克。先将马铃薯洗净去皮，切成薄片，置于铝锅内加水煮沸30分钟，捞起后用4层纱布过滤，取汁。然后将琼脂加入汁内，边加热边搅拌，让琼脂充分溶化；再将葡萄糖等加入，稍煮几分钟后，同样用4层纱布过滤，取其汁液。将汁液趁热装入玻璃试管内。装至管长的1／5，管口用棉花塞紧，或将汁液装入玻璃三角瓶内，装量20毫升。然后置于高压锅内，在98--108千帕／厘米的压力下灭菌30分钟左右。灭菌后及时取出，趁热将试管斜排于桌上，冷却后即成为固体斜面培养基。
3、母种分离方法有孢子弹射、组织分离和基内分离3种方法。①孢子弹射法。将种菇表面消毒，吸干水分后，将菇体悬挂于装有琼脂培养基的三角瓶内，让菇体内的袍子自然散落在培养基上萌发菌丝。也可以剪取一小决菇体，贴附在试管斜面培养基表面，让孢子散落在培养基上萌发菌丝，即能获得母种；③组织分离法。将消毒过的种菇，在接种箱内用手从菇柄处对半解开，或用刀片切开，使菇体形成对开。在菌盖和菌柄交界处或菌褶处，用接种刀切取一小块菇体，然后纵切成5毫米x10毫米的小薄片，用接种针挑取一块薄片，接入斜面培养基的中央，每支试管接种一小决薄片，待其萌发菌丝，即可得到母种；(3)基内分离法。选择已长菇的木段，削去树皮及表层木质部，用70％的酒精消毒后，锯成1厘米厚的薄片，放入0．1％的升汞水中消毒1--2分钟，再用灭菌水洗去残液。然后再将小薄片劈成0．5--1厘米宽的小条，接入斜面培养基中央，待长出菌丝农业技术后即得母种。也可以在已长菇的菌袋中，经消毒处理后，用接种针钩取袋内色泽纯、长势旺的菌丝体，接种在试管斜面培养基中央，待萌发菌丝后，同样获得菌种。
4、适温培养通过上述不同方式将菌种分离接种于试管后，要及时将试管移入已消毒的培养箱或培养室内培养，温度控制在25℃左右，使分离获得的孢子或菌丝在适温下发育。一般孢子弹射3--4天后孢子萌发成菌落，10天后菌丝长满管；组织分离接种后2--3天，菌丝即萌发，并在培养基上蔓延生长；菇木分离接种后，7天菌丝即恢复生长。
5、选育提纯通过上述方法得到的菌丝，不一定都是优质的，还需要选育提纯。因此，在菌丝萌发后，要认真观察，挑选色泽纯、健壮、长势正常、无间断的菌丝，在接种箱内连同培养基钩取菌丝，接入另备的试管培养基上。在23--25℃的恒温条件下，培养7--10天，待菌丝长满管后，再进行观察，从中择优取用，即为“母代”母种。
6、转管扩接母代母种可以转管扩接成“子代”母种。采用同样的斜面培养基，每支可扩接30--50支子代母种。生产上供应的多为子代母种。它可以再次转管扩接。一般每支可扩接成20--25支子代母种，但转管次数不得超过5次。
7、出菇试验分离选育的母种，还必须进行出菇试验。方法是：把母种接种于瓶或袋装的木屑培养基上，根据各种菇耳种性对温度的要求，进行适温培养，直至出菇才证实可用于生产。
二、原种繁殖培养
将母种接在瓶或袋的木屑培养基上，通过培养，即成原种。其技术要求如下。
1、原种木屑培养基配方杂木屑77．5％，麦麸20％，蔗糖1％，石膏粉1．2％，硫酸镁0．3％。pH值(灭菌前)6．5--7，含水量调至60％。
将上述原、辅料混合拌匀，装入750毫升的玻璃菌种瓶内，装料要求下松上紧。瓶口塞紧棉花，再用牛皮纸包住瓶颈与棉塞。然后置于高压灭菌锅内，在147千帕／平方厘米压力下灭菌2--2．5小时。也可进行常压灭菌，在100℃下保持10--11小时，达标后趁热取出，让其冷却。
2、接入菌种待料温降至25℃以下时，在灭菌条件下，将试管种分割成若干决，通过酒精灯火焰迅速接入原种培养基上，每支母种可按4--6瓶原种。
3、发菌培养接种后及时将玻璃菌种瓶移入25℃菌种培养室内进行培养。空间相对湿度控制在70℃以上，避免强光照射。原种培养时间一般菇类需要40--50天，草菇、银耳只需15--20天即可。
4、去杂选优原种培育过程中，要每天进行观察，如发现有杂菌污染的，应立即淘汰。
三、栽培种扩大培育
将原种再次扩接在同样的木屑培养基上，在适温条件下培养30--35天即为栽培种(又叫生产种)，可用于生产栽培。栽培种可用750毫升菌种专用瓶，由于使用量大，所以通常多采用聚丙烯菌种袋。袋的规格有12厘米x24厘米、15厘米x28厘米、17厘米x33厘米等，可根据各种菇耳特性和当地习惯选择使用。培养基灭菌采用常压灭菌灶灭菌，要求灭菌温度达100℃，保持8--10小时，达标后趁热卸袋冷却。待料温降至25℃以下时，在无菌条件下接入选定品种的原种。每瓶原种可扩接成50--60瓶栽培种。菌种培育室要求干净，防强光，室温掌握在23--25℃，并经常检查，发现杂菌污染应及时淘汰，不断选优去劣。当菌丝长满袋，尖端菌丝反转上爬1--3厘米时，为适龄的栽培种。
