1.褐腐病
又称水泡病、湿泡病等。主要损害蘑菇、草菇、平菇等。该病是由一种名叫疣孢霉的病菌引起的。主要特点为：疣孢霉的分生孢子和厚垣孢子只感染子实体，不感染菌丝体。子实体受到轻度感染时，菌柄肿大成泡状畸形，故叫湿泡病。但在子实体发育阶段不同，病症也不同。子实体未分化时被感染。则有一种如硬皮马勃状的不规矩组织块，上面覆盖一层白色绒毛状的菌丝，并逐步变成暗褐色，常从患病组织中渗出暗黑色汁滴。菌盖和菌柄分化后感染，菌柄变成褐色，感染在菌褶上则有二种白色的菌丝生长物。
传播道路：疣孢霉是一种普通的泥土真菌，菇房周围的泥土和破除物是它的病源。因此，疣孢霉病菌主要是经过覆土，空气、操作人员、工具及昆虫、老鼠等携带传染给菌床及菌块的。
防治办法：如果覆土被疣孢污染，可采取巴斯德灭菌法（60℃）解决一小时，也可用4％的甲醛消毒覆土。还可在覆土中喷1：500的多菌灵药液或托布津药液灭菌。开端发病时，应该立刻停滞喷水，加大菇房通风量，往培养架上、墙壁上、地面上喷洒1％一2％甲醛溶液或1：500多菌灵药液灭菌。发病严重时，需要除掉原有的覆土，改换新土；并且销毁病菇，把所有的工具在浓度为4％的甲醛溶液中消毒。
2.枯败病
又称死枯病，是一种生理性病害。主要损害蘑菇、平菇、凤尾菇、灵菇、滑子蘑等。主要特点为：菇蕾形成后，大小不等的子实体都能够发生此病。发病后停滞生长，变黄、逐步萎缩、变软、变干，最后枯死或糜烂。
病因：发生此病是生理上碰壁的结果。主要起因是原基形成后培养料过干，而使菇蕾枯败；或者是出菇过密；营养供给不上，使部分小菇死亡；或者是菇房温渡过高，温渡过大，通风情况又不好，短少氧气，使空气中的二氧化碳含量过多所造成的；还有采菇时不慎碰伤了小菇蕾、或者是出菇过量，产生药害而造成的。
防治办法：子实体涌现枯败时，首先要弄清发病起因，采取相应办法。切忌在出菇后的菇房内喷药，否则容易产生药害。特别是平菇和风尾菇，在出菇期间绝对不能够喷洒敌敌畏。
3.畸形菇病
也是生理性病害。食用菌在形成子实体期间，倘若碰到不良环境和条件，使子实体不能正常发育，便会产生各种各样的畸形。主要特点为：菌盖小而薄、柄细长、早开伞。这种景象平菇和风毛菇多发在头茬菇之后，而香菇则发生在头茬。其主要病因是高温、光线不足、营养缺少等。
长柄菇主要发生在侧耳属的子实体形成期间，子实体呈珊瑚状或菌盖极小，而菌柄根部粗大。其主要起因是光线不足、通气不佳、二氧化碳含量过高、氧气成分太少。子实体倒斜景象的发生，通常都是朝有光的一面倾斜，其起因是子实体在生长进程中的趋旋旋光性，主要是菇房中的光线不均匀造成的。在不同的生长进程中经常涌现的菌丝萎缩，有时甚至死亡的景象，主要是菌种不茁壮，接到新的培养料上不吃料；或者培养料含水量不适宜，过干或过湿；再有料内温渡过高，造成烧菌，或者培养料内通气情况不好，还可能是培养料中的酸碱度不适宜。
其防治办法只有一个，就是在生产进程当中，每一道程序、每一个工艺都必须科学地威严按恳求进行，以避免造成这样或那样的不良结果，致使生产失败。
4.猝倒病
又称枯败病，属于真菌性病害。主要是由镰包霉和菜豆镰霉所引起。主要病症是子实体被侵染后，菌柄髓部萎缩变成褐色，菇体变得矮小不再生长。此病发生早期和健康菇在形状上不易发觉，只是菌盖变暗，菇体不再生长，最后变成僵菇。
传染道路：因为镰包霉可在泥土中长期存活，所以经过泥土传染是主要传染道路，另外经过空气和一些使用用具也能够传染。
防治方法：对覆土进行灭菌是防治此病的主要方法。通常用1：500的多菌灵或托布津药液喷洒，进行消毒。
