循环利用资源是食用菌产业的最大特点。食用菌可将农作物秸秆、桑果枝条等农林副产品分解并转化为健康食品——菌物蛋白，是发展农业循环经济、区域循环的重要载体。食用菌循环生产技术主要包括两个方面，一是产业间循环的载体作用，将麦稻、畜牧、水果、蚕桑等产业发展过程中产生的稻草、牛粪、桑果枝条等种养业副产品资源转化为食用菌产品；二是从菌糠或菌渣的进一步多层次综合利用角度，经适当处理可再用于生产食用菌，也可将蘑菇泥（栽培蘑菇后的废料）、菌糠等作有机肥还田，发展芦笋、铁皮石斛等高效经济作物，达到减少农业面源污染，增加农业生产效益。
食物链能量传递模式。包括①奶牛－蘑菇－牧草种养模式。牛粪栽培蘑菇，蘑菇废料种植牧草，牧草饲养奶牛的循环生态种养模式。②稻草－蘑菇－芦笋模式。水稻种植后产生稻草，再以稻草为原料生产蘑菇，栽培蘑菇后的废料（蘑菇泥）作有机肥种植芦笋。③蚕桑－黑木耳（或香菇或秀珍菇）模式。养蚕后修剪下的桑枝，粉碎后用于栽培黑木耳、秀珍菇等食用菌，菌糠再还田。④果枝（或葡萄枝）－黑木耳（或秀珍菇、香菇）模式。⑤棉籽壳—金针菇。
时空循环农作制度创新模式。①菇稻轮作模式。水稻－香菇/黑木耳/蘑菇。菇稻轮作是一种生态高效的新型栽培模式，主要有香菇、黑木耳、蘑菇与水稻轮作3种模式。食用菌与水稻轮作新模式，既稳定了粮食生产，又提高了种植效益，已经成为食用菌主产区的高效生产模式。②菌菜间套模式。如芋艿/大豆＋竹荪模式。③金针菇——秀珍菇轮作模式。④高温蘑菇/双孢蘑菇模式。
资源多级利用模式。菌糠是栽培食用菌后的培养料，含有丰富的蛋白质、氨基酸及微量元素，在农业生产上具有较高的利用价值。菌糠被广泛用于二次栽培食用菌、用作农作物肥料、加工成家畜（猪、牛）家禽饲料、生产沼气、饲养昆虫（蛴螬）及作燃料等，做到清洁生产、“零排放”。①金针菇——金福菇。工厂化金针菇栽培后菌糠二次栽培秀珍菇或金福菇或大球盖菇模式。②杏鲍菇——香菇。利用栽培杏鲍菇后菌糠二次栽培香菇模式。③香菇——香菇。栽培香菇后菌糠加新料二次栽培香菇模式。④金针菇——牛饲料。⑤废菌料为培养基质，栽培铁皮石斛。
